メタフェイズでは一部管理部メンバーを除いて裁量労働制をとっています。この裁量労働制は業務時間を自分自身の裁量で計画するというものです。
自分に与えられた業務を遂行できていれば1日8時間働いたと見なしますので、時間管理（何時に出社し、何時まで仕事をしなければいけないという時間をしばること）はしていません。
「前日に納品があり、ちょっと疲れているので、今日は13時出社」や「夕方からライブに行くので16時退社」など、自分自身の判断で時間を決めることは問題ありません。

メタフェイズの給与制度は年俸制をとっています。入社時に定めた年俸を12分割し、毎月25日（25日が土日祝日の場合には前営業日）に給与振込をしています。

※夏冬の定期ボーナスの制度はありません。また給与査定は年1回４月に行っています。4月から3月までの1年間の個人業績と所属部署、会社業績により、翌年度の給与額を決定します。

※個人業績は期初に上長と面談し、定めた目標に対する達成度合い

4半期（3カ月）に1度、その期間の活動成果に応じて、インセンティブ支給する制度があります。
所属する事業部（管理部門は全社）の目標売上の達成率に応じた事業部インセンティブ、個人営業成績の達成に応じた個人インセンティブ、アワード受賞の啓蒙インセンティブなどがあります。